Programy szczepień obejmują zarówno kobiety, jak i mężczyzn.

Zagadnienia, co do których toczy się obecnie ożywiona dyskusja, to: czy programy szczepień powinny obejmować zarówno kobiety, jak i mężczyzn; jaka jest trwałość odpowiedzi immunologicznej; i, oczywiście, aspekty ekonomiczne. Docelowa populacja, którą powinny objąć szczepienia profilaktyczne, to prawdopodobnie dorastające dziewczęta. Dyskutowana jest kwestia, czy programy szczepień powinny objąć również mężczyzn, czy też nie.

Brodawki genitalne wywołane przez HPV-6 i HPV-11 stanowią poważny problem kliniczny zarówno wśród kobiet, jak i mężczyzn. Choroby związane z typami 16 i 18 wirusa HPV są rzadsze u mężczyzn, niż u kobiet, ale występują przypadki raka odbytu, prącia i części ustnej gardła związane z HPV. Oprócz zapobiegania zachorowaniom mężczyzn, włączenie ich do programu szczepień może być korzystne dla zmniejszenia całkowitej ilości zakażeń wirusem HPV w społeczeństwie. Różyczka jest dobrym przykładem udanego szczepienia, obejmującego obie płcie. Znaczące zmniejszenie przypadków występowania choroby zostało zaobserwowane dopiero po włączeniu chłopców do programu szczepień.

Rozważana była kwestia tego, czy szczepienia zabezpieczają również przed innymi typami HPV; istnieją dane wskazujące na obecność pewnego zabezpieczenia krzyżowego.
W Szwecji, by móc śledzić przyszłe losy zaszczepionych osób, za ich zgodą zostaną one zarejestrowane w krajowym rejestrze szczepień, Svevac. Rejestr ten będzie mógł być później porównany z krajowym rejestrem dotyczącym raka. Potrzeba będzie wielu lat, aby odpowiedzieć na liczne pytania.

Kiedy podawać szczepionkę
Szczepienia przeciwko HPV są profilaktyczne, dlatego też szczepionka powinna zostać podana, zanim młodzi ludzie zostaną narażeni na kontakt z genitalnym HPV - czyli przed rozpoczęciem jakiejkolwiek aktywności seksualnej. Średni wiek rozpoczęcia współżycia zmienia się w zależności od kraju, ale zasadniczo podawano wiek 9-13 lat jako odpowiedni do wprowadzenia szczepień przeciwko HPV. Przeprowadzono badania na temat postaw rodziców oraz ich chęci do zaszczepienia córek, które nie osiągnęły wieku dojrzewania. Większość z nich była za szczepieniami, i wyrażała zadowolenie z możliwości zabezpieczenia córek przed rakiem szyjki macicy, jednak niektórzy obawiali się, że może to prowadzić do ryzykownych zachowań. Akceptacja szczepień w społeczeństwie prawdopodobnie będzie wysoka i raczej nie będzie stanowiła problemu.

Szczepienia właściwej grupy docelowej
Istotną rzeczą jest, by pamiętać o tym, że nadal nie wiemy, czy szczepionka będzie korzystna w przypadku osób już narażonych na kontakt z typami HPV, przeciwko którym zabezpiecza szczepionka. Jednakże, w badaniach III fazy nad czterowalentną szczepionką, w których uwzględniono ponad 90% nie-dziewic, mających w życiu od 1 do 4 partnerów, 82% z nich nie okazało się seropozytywne pod względem żadnego z czterech włączonych do szczepionki typów HPV, a bardzo niewiele było seropozytywnych pod względem wszystkich typów. Zatem, wiele kobiet w wieku 16-23 będzie mogło prawdopodobnie odnieść korzyści ze szczepień uzupełniających.
Również wiele pacjentów poza grupą badaną, 9-26 lat, będzie prosić o szczepienie. Oczywiście, szczepienie odniesie lepszy skutek w przypadku pacjentki 27-letniej, mającej w życiu jednego partnera, niż u 17-latki informującej o 10 partnerach.

Indywidualne doradztwo ma kluczowe znaczenie, ponieważ bardzo trudno jest ustalić ogólne wytyczne.

Nie jest jednak znana skuteczność w odniesieniu do kobiet w wieku powyżej 26 lat ani w odniesieniu do mężczyzn. Trwają badania obejmujące kobiety w wieku powyżej 26 lat (dotyczy to obu szczepionek, czterowalentnej i dwuwalentnej) oraz heteroseksualnych mężczyzn, jak również mężczyzn uprawiających seks z mężczyznami (szczepionka czterowalentna). W przypadku mężczyzn, mamy na razie tylko dane dotyczące odpowiedzi immunologicznej oraz bezpieczeństwa, ale nie znamy skuteczności szczepionki. Badania fazy II i III nie wykazały żadnych niekorzystnych sytuacji w przypadku pacjentów już zakażonych, zatem ryzyko przy szczepieniu tej grupy prawdopodobnie nie jest duże.

Koszt szczepionki dla jednej osoby jest nadal znaczący, zatem z etycznego punktu widzenia szczepienie właściwej grupy docelowej jest ważne.

Różnice pomiędzy krajami
Potrzebne będzie przeszkolenie wielu lekarzy, od których pacjentki i ich rodzice będą chcieli uzyskać informacje na temat szczepień; dotyczy to zwłaszcza ginekologów, dermatologów-wenerologów, lekarzy rodzinnych, położnych oraz osób pracujących w placówkach leczniczych dla młodzieży, jak również pielęgniarek szkolnych.
Szczepionka jest obecnie oferowana przez wiele ośrodków szczepień, zajmujących się głównie szczepieniami przed podróżą. Osoby w nich pracujące na ogół nie posiadają żadnej wiedzy dotyczącej HPV, i również będą potrzebowały przeszkolenia.

Przekonaliśmy się już, że kliniki szpitalne, jak również placówki lecznicze dla młodzieży, posiadające wysokie kompetencje w tej dziedzinie, niestety nie mają wystarczających zasobów, aby móc oferować szczepienia. Niezbędna jest zatem większa liczba pracujących na tym polu osób.
Wprowadzanie szczepień będzie prawdopodobnie stopniowe, będą też duże różnice pomiędzy krajami, jeśli chodzi o politykę w sprawie szczepień.